長崎市：鎖国体制下の江戸時代において、清・オランダとの貿易の玄関口となった港町。幕末には欧米との貿易のため開港し、長きにわたり貿易港として栄えた。羽島や池島など炭鉱で栄えた地域も多く、長きにわたり日本の産業発展に貢献してきた歴史深い街。
市の花
佐世保市：県北部に位置する、長崎市に次ぐ第二都市。佐世保駅は高速バスだけでなく特急でも一本で博多へ結ばれ、外部への移動の利便性も高い。佐世保湾の更に奥まったところに位置する佐世保港は軍港として発展し、造船業でも栄えた。ハウステンボスや九十九島など、人気観光地も多い。
島原市
諫早市：長崎半島と島原半島の付け根に当たる、県下第三の都市。長崎方面や島原方面はもちろん、佐賀方面や佐世保方面にも路線や道路が伸びる交通の要衝。眼鏡橋などの歴史的建造物も残るほか、工業も盛ん。
大村市：長崎空港を有する空の玄関口。大村藩の中心地として、玖島城下が発展した。長崎市や諫早市に近く、佐世保市も遠くはないため、様々な都市のベッドタウンとして人気の高い街。
市の花
平戸市：鎖国により西洋貿易が出島でのみ行われるようになるまで、貿易が行われた港町。平戸城と西洋風な建造物が市街地に残り、和風な雰囲気と異国情緒あふれる雰囲気が合わさる観光地。漁業も盛ん。
松浦市
対馬市
壱岐市
五島市
西海市：大瀬戸町・西海町・西彼町・大島町・崎戸町が合併し、新設された街。西彼杵半島北部に市域を広げる。長崎市に隣接するのに加え、西海橋で佐世保市とも結ばれる。造船業や水産業が主力産業。
旧西海町
旧西彼町
町の花
旧西彼町
雲仙市
南島原市
長与町
時津町
東彼杵町
川棚町
波佐見町
小値賀町
佐々町
新上五島町